Dodatkowo na przeszkodzie stało to że teoria geocentryczna, była akceptowana i wykładana przez środowiska akademickie, oraz to co stanowiło największy opór - była uważana przez teologów za zgodną z przekazem biblijnym. Galileusz próbując udowodnić swoją teorię pisał iż, dosłowna interpretacja słów Biblii, może prowadzić do powstawania różnych bezbożnych teorii, dlatego uważał że w przypadku poznawania zależności natury, Biblia powinna być ostatnią rzeczą, na której można się opierać. Ponieważ natura tak samo jak i Biblia zrodziła się ze słowa Bożego.
Kościół w tamtym czasie, walczył się z odłamem protestantyzmu, który zezwalał na dowolną interpretację Pisma Świętego, w przeciwieństwie do jednej narzuconej przez katolicyzm. Dlatego też Kościół, nie chciał kolejnych rozłamów min. poprzez teorie Galileusza. Teologom Świętego Oficjum zlecono rozpatrzenie dwóch twierdzeń, pierwsze głoszące że Słońce jest centrum świata i jest nieruchome, oraz drugie - Ziemia nie jest środkiem świata, i nie jest w spoczynku, a obraca się wokół siebie. Obie tezy zdementowano. Mimo iż wiemy że z naszego punktu widzenia są one nie prawdziwe, można uznać że są dużo bardziej bliższe naszej wiedzy niż popierane przez Kościół teorie geocentryczne. W krótką chwilę po osądzie Świętego Oficjum w 1616 roku, zakazano wszelkich ksiąg popierających teorie heliocentryczną, a Galileusz został zmuszony aby zaprzysiężyć się do zaprzestania głoszenia swoich poglądów. On sam wiedział dobrze iż głoszenie dalej teorii bez mocnych argumentów jest bezsensowne i mogło go dużo kosztować.
Dopiero gdy zgromadził trzy dowody na potwierdzenie swoich teorii wydał książkę "Dialog", zwany potem "Manifestem Kopernikańskim". Pierwsza zakładała że ruch planet jest jednakowy i regularny, jeśliby uznać że ośrodkiem ich ruchu jest Słońce. Drugim była obserwacja plam słonecznych, które zajmowały rożne położenie wciągu roku. Trzecim zaś była jego udoskonalona teoria pływów. Jego dzieło wydane zostało w 1632 roku i szybko jego druk został zakazany. Galileusz został posądzony o złamanie jego obietnicy z 1616 roku, i głównym przedmiotem tego procesu było nieposłuszeństwo człowieka głoszącego się katolikiem. Wyrok procesu zakał rozpowszechnianie "Dialogu" i oddanie Galileusza do dyspozycji Świętego Oficjum, które uwięziło go dożywotnio, lecz następnie zmieniono kare na areszt domowy i w zasadzie do końca swych dni prowadzi spokojne i dostanie życie.

Swoistym komentarzem do opinii jezuickiego astrofizyka jest artykuł prefekta Tajnego Archiwum Watykańskiego na łamach L’Osservatore Romano. Bp Sergio Pagano zaprezentował w nim nowe wydanie dokumentów procesowych Galileusza. Ukazywały się one wielokrotnie w przeszłości, jednak obecna edycja została w stosunku do poprzednich uzupełniona, przejrzana i opatrzona przypisami. Zdaniem bp. Pagano z dokumentów wynika, że proces był prowadzony zbyt sztywno i bez zrozumienia dla włoskiego astronoma, zwłaszcza w drugiej fazie, po śmierci kard. Roberta Bellarmina i odsunięciu od postępowania życzliwych mu jezuitów. „Zakładając nawet, że czasy historyczne nie dojrzały wówczas do przyjęcia wyników badań wielkiego uczonego z Pizy, nie da się zanegować, iż w całym postępowaniu zostały popełnione błędy, także ze strony samego Galileusza” – stwierdził prefekt Tajnego Archiwum Watykańskiego.
Bibliografia:
http://www.roik.pl/sprawa-galileusza-i-bledy-kosciola/
http://www.opoka.org.pl/biblioteka/T/TI/TIA/kosciol_i_nauka.html